L'irrigation colonique emporte avec les déchets évacués une partie de la flore intestinale; quoi qu'il en soit, celle-ci se reconstitue en peu de temps.
Pour accélérer ce processus, l'hygiéniste complète le traitement en procédant à une instillation rectale de bactéries spécifiques. Cependant, la prise régulière de gélules de ces bactéries prévient tout déséquilibre.